La Mazda3 n'échappe cependant pas à la règle stipulant que rien n'est parfait en ce bas monde. Tout d'abord, si le volant est très agréable à l'oeil, son boudin en plastique est trop mince en plus d'être très glissant, ce qui rend la conduite pénible si l'on porte des gants. Si le repose-pied pour le conducteur est d'une largeur très généreuse, celui-ci empiète dangereusement sur l'espace vital de la pédale d'embrayage et on risque à tout moment de l'accrocher lorsque vient le temps de débrayer. Il faut quand même avouer que la course de l'embrayage est idéale, que le levier de vitesses est un modèle de précision, et que l'espace alloué aux occupants à l'avant est très vaste, convenant aux personnes de toutes les tailles. Ce n'est cependant pas le cas à l'arrière; les dégagements pour les épaules, les hanches et les jambes sont adéquats, mais les personnes de grande taille vont se trouver coincées entre leur siège et le toit, lequel descend trop bas. De plus, monter à l'arrière exige des acrobaties probablement semblables à celles exigées lors des auditions pour l'école du Cirque du Soleil. Mais une fois qu'on y est, on trouve une banquette confortable et deux appuie-tête aux extrémités.

Toujours à l'arrière, si le coffre est de bonne contenance et que le dossier de la banquette arrière se fractionne 60/40 pour en augmenter l'espace, celui-ci n'a pas l'ouverture pour accueillir des objets encombrants. Étant donné que le couvercle du coffre est très court, le chargement des bagages se fait uniquement de façon latérale; on ne dépose pas d'objets dans le coffre d'une Mazda3, on les glisse. Il faut cependant donner une mention honorable à Mazda pour la conception du couvercle donnant accès au compartiment réservé au pneu de secours, lequel regroupe tous les outils nécessaires à la besogne sans devoir tout sortir au complet : on enlève le tapis protecteur et on retourne le couvercle pour avoir accès aux outils.

En dernier lieu, il faut noter que Mazda semble avoir succombé aux tendances du marché à offrir à l'acheteur d'un modèle intermédiaire des équipements dont l'utilité est douteuse. Parmi ceux-ci, on retrouve le capteur de pluie pour l'activation automatique des essuie-glace, et un oeil sensible à la lumière allumant et éteignant les phares automatiquement. Ce dernier règle même l'intensité de l'éclairage du tableau de bord. Si cela peut sembler pratique, il est à se demander pour combien de temps ce gadget sera efficace, car l'accumulation de saletés fera tôt de fausser les informations perçues par le capteur de lumière. En passant, si le tableau de bord est très agréable à l'oeil et que les nacelles entourant les indicateurs empêchent l'éblouissement, la disposition des chiffres rend la consultation des instruments assez désagréable. Malgré tout, il faut néanmoins avouer que Mazda a fait un très bon effort pour donner à la Mazda3 un intérieur ayant une personnalité qui lui est propre, contrairement aux autres modèles japonais qui sont plutôt fades à ce chapitre.